インボイス制度や電子帳簿保存法への対応は、2025年以降も中小企業にとって喫緊の課題です。
「請求書発行・経費精算・電子保存をまとめて対応したい」。「会計ソフトを何にすればよいか分からない」と。悩む総務・経理担当者も多いのではないでしょうか。
本記事では、インボイス対応 SaaSとして、電子帳簿保存法に準拠しながら、業務効率を大幅に高めるおすすめクラウド会計ツールを3つ厳選してご紹介します。

なお、ツール導入を検討する前に、失敗しやすい要因を押さえることが重要です。
導入判断を誤ると、費用や運用工数が想定以上に膨らむリスクがあります。
詳しくは、【SaaS導入で失敗しない5つのチェックポイント】の記事で解説しています。

なぜ今、インボイスと電子帳簿保存法への対応が急務なのか

2023年に開始されたインボイス制度、そして改正電子帳簿保存法。これらはすべての企業・個人事業者に影響を与える法令であり、請求書や経費処理のデジタル管理が義務化されています。
紙ベースの管理を続けていると、保存期間や検索要件の不備により税務調査で指摘を受けるリスクも。さらに、手作業による入力や確認業務が残っている企業では、ミスや生産性低下が深刻な課題です。
こうした背景から、「法対応 × 業務効率化」を両立できるクラウド型SaaSツールの導入が急速に進んでいます。

選定のポイント：インボイス対応 SaaSを選ぶ際に見るべき3つの視点

1. 電子帳簿保存法への自動対応機能

ツール選定の第一条件は、電子帳簿保存法に準拠していること。具体的には、電子データの真実性・可視性・検索性を。担保する仕組みがあるかを確認しましょう。
たとえば、証憑の改ざん防止、日付・金額・取引先での検索機能。タイムスタンプ付与などが備わっているかが重要です。

2. インボイス制度への自動仕訳・区分判定機能

インボイス制度では「適格請求書発行事業者番号」の管理や課税・免税区分の仕訳処理が必須です。
自動でインボイス番号を読み込み、仕訳データを分類できるSaaSを選ぶことで、入力ミスや確認工数を削減できます。

3. 会計・経費・請求が一元管理できる統合性

複数ツールを組み合わせると、費用も連携設定も煩雑になります。
会計ソフト・請求書発行・経費精算・ワークフロー承認がすべてクラウドでつながる「オールインワン型SaaS」なら、データの二重入力を防ぎ、チーム全体の作業効率を高められます。
関連記事：【バックオフィス業務を劇的に効率化！おすすめSaaSツール特集】

中小企業におすすめ！インボイス・電帳法対応SaaSツール3選

1. マネーフォワード クラウド会計・経費

インボイス番号の自動読み込みと仕訳登録が可能。
電子帳簿保存法に対応した証憑保管機能も標準搭載されています。
会計・給与・請求書などのシリーズ連携が強く、中小企業のバックオフィスを完全クラウド化できます。

• 対応範囲：会計・経費・請求・給与・人事
• 価格帯：月額2,980円〜
• 特徴：電子保存・インボイス自動判定・API連携多数

2. freee会計

個人事業主〜中小企業まで幅広く利用される定番クラウド会計ソフト。
電子帳簿保存法対応も完了しており、レシート撮影による自動仕訳やAIによる経費分類が特徴。
インボイス登録番号を自動で照合し、入力作業を最小限にできます。

• 対応範囲：会計・確定申告・請求書・人事労務
• 価格帯：月額1,380円〜
• 特徴：スマホ完結・AI自動仕訳・OCR認識精度が高い

3. 弥生オンラインシリーズ

長年の信頼とサポート力が魅力。
弥生会計オンラインは、電子帳簿保存法対応済みで、証憑のアップロード・検索・保存を一括管理可能。
サポート窓口の評判が高く、ITが苦手な中小企業や士業事務所でも安心して導入できます。

• 対応範囲：会計・給与・販売管理
• 価格帯：年額26,400円〜
• 特徴：サポート体制が充実・操作画面が分かりやすい

まとめ：SaaS導入で“法対応＋業務効率化”を両立しよう

インボイス制度・電子帳簿保存法は、単なる法対応ではなく。バックオフィスの生産性を見直す絶好の機会です。
紙やExcel管理を続けるよりも、クラウドSaaSで業務を自動化することで、ヒューマンエラーの防止とコスト削減が実現できます。
今回紹介した3つのツールはいずれも法令準拠済み。自社の業務規模や既存システムとの連携を考慮して、最適なツールを選びましょう。

さらに、導入後の運用を。成功させるためのステップは、【完全版】SaaS導入の失敗回避ガイドで。詳しく紹介しています。